无论是母乳还是牛奶、配方奶，都含有2种主要的蛋白质：乳清蛋白和酪蛋白。乳清蛋白是一种温和的蛋白质，容易消化，也很容易被人体肠道吸收。酪蛋白是乳汁中凝结的蛋白质，易结块，不易为人体肠道吸收。母乳中所含的蛋白质多是乳清蛋白，而牛奶和某些配方奶中则多是酪蛋白。
除了乳清蛋白外，母乳中还有其他优质蛋白质，包括能促进大脑与神经系统发育的牛磺酸，以及能将母乳中的铁质运送到血液中的乳铁蛋白。乳铁蛋白是母乳特有的蛋白质，除了具有传送铁质的功能外，还能监督常驻婴儿肠道内的细菌，抑制肠内坏菌的生长。
而母乳蛋白质家族中的最新成员——核甘酸，能让身体组织长得更强健。如同钢筋中的强化成分一样，核甘酸能促进肠道绒毛的生长，扫除那些不属于宝宝肠道的细菌，维护正常的肠道生态。